Questa pratica manipolatoria ha origini antichissime, ma la sua codificazione come precisa tecnica corporea risale a tempi abbastanza recenti, e precisamente, in Giappone, fra il 1910 ed il 1920. Nel 1955 ci fu il riconoscimento ufficiale del Ministero della Sanità giapponese e dagli anni settanta in poi lo shiatsu iniziò progressivamente ad affermarsi nel resto del mondo.
Nonostante la nascita relativamente recente e la sua matrice giapponese, in realtà questa tecnica affonda le sue radici nell'antica cultura orientale, e precisamente nelle arti manipolatorie cinesi, praticate per la cura della salute già a partire dal 2.500 - 3.000 a.C. Questo popolo, infatti, teneva in gran considerazione le tecniche di manipolazione corporea e le aveva inserite in una visione più ampia che coinvolgeva ogni aspetto della vita umana, compreso quello filosofico.
Nel VII secolo circa, grazie ai monaci buddisti, il ricco bagaglio dell'esperienza, della cultura e della tradizione cinese, approdò in Giappone, ed anche le arti manipolatorie si diffusero in questo paese. Tra le tecniche più significative era presente un ben preciso intervento di tipo pressorio sul corpo, i giapponesi isolarono proprio questo concetto di pressione e lo impiegarono in modo autonomo in una nuova e singolare arte manuale:
lo Shiatsu.